سازمان حقوق بشر ایران، روز دوشنبه ۳۱ اردیبهشت با انتشار بیانیه‌ای درباره کشته شدن ابراهیم رئیسی، رئیس جمهور حکومت ایران نوشت که مرگ او «به معنای بسته شدن پرونده جنایت‌هایش نیست.»
این نهاد حقوق بشری با «گرامی داشتن یاد هزاران مرد و زنی که در چهار دهه گذشته قربانی جنایات ابراهیم رئيسی و حکومت جمهوری اسلامی شده‌اند» ابراز امیدواری کرد که «روزی در دادگاه صالح، به کارنامه او نیز در کنار کارنامه سایر مسئولان جمهوری اسلامی و مرتکبان جنایت علیه بشریت رسیدگی شود.»
محمود امیری‌مقدم، مدیر این سازمان، در بیانیه صادر شده، ابراهیم رئیسی را «نماد مصونیت قضایی برای جنایتکاران و عدم پاسخگوییِ نهادینه‌شده درنظام جمهوری‌اسلامی» توصیف کرد و گفت او علاوه بر مسئولیت مستقیم اعدام هزاران زندانی سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ در سال‌های دیگر نیز «مسئولیت جنایاتی را داشت که هنوز ابعادش برای همگان آشکار نیست.»
بیانیه سازمان حقوق بشر ایران می‌گوید رئیس جمهوری کشته شده جمهوری اسلامی، از جمله در سرکوب اعتراضات سال ۱۳۸۸ و «اعدام مخالفان پس از آن و صدها اعدام دیگر نقش مستقیم داشت.»
به گفته این سازمان رئیسی در دوره دوساله ریاست قوه قضائیه مسئول اعدام «بیش از ۴۰۰ نفر» را داشت که در بین آن‌ها «اعدام مخالفان سیاسی و معترضان همچون نوید افکاری، مصطفی صالحی، روح‌الله زم و هدایت عبدالله‌پور، اعدام دست‌کم هفت کودک-مجرم و ۲۵ زن، و اعدام یک مرد به اتهام مصرف مشروبات الکلی به چشم می‌خورد.»
همزمان، کمپین حقوق بشر در ایران هم با انتشار بیانیه‌ای گفت که حاکمیت جمهوری اسلامی نباید از مرگ ابراهیم رئیسی برای سرکوب و خشونت بیشتر علیه جامعه مدنی و مخالفان صلح‌جوی مردمی سوءاستفاده کند.
هادی قائمی، مدیر اجرایی مرکز حقوق بشر در ایران گفت: «در حالی که دولت تلاش دارد تا قدرت خود را حفظ کند، جامعه بین‌المللی باید مراقب هرگونه تشدید احتمالی سرکوب جامعه مدنی در ایران باشد و به آن واکنش نشان دهد.»
قائمی گفت: «رئیسی ستون نظامی بود که مردم را به خاطر جرات انتقاد از سیاست‌های حکومت زندانی، شکنجه و کشتار می‌کرد. مرگ او این امکان را برای حاکمیت فراهم کرده تا از پاسخگویی به جنایات بسیاری که تحت دولت او صورت گرفته بگریزد.»
به گزارش رسانه‌های دولتی جمهوری اسلامی، ابراهیم رئیسی و حسین امیرعبداللهیان وزیر امور خارجه در ۳۰ اردیبهشت ۱۴۰۳ در سانحه سقوط بالگرد در حوالی شهر جلفا در استان آذربایجان غربی کشته شدند.